1884年5月15日生於東京市四谷區坂町，爲德川幕府武士後裔。

1898年8月入東京陸軍幼年學校，畢業後考入陸軍士官學校。

1904年10月由陸軍士官學校第16期畢業，被授以步兵少尉，任步兵第1聯隊補充隊小隊長。

1905年4月 轉任步兵第49聯隊，參加日俄戰爭。

1907年12月晉升爲步兵中尉，調任陸軍士官學校中國留學生隊區隊長。

1910年12月入陸軍大學深造。次年4月，與星野理枝結婚。

1913年11月由陸軍大學第25期畢業，任步兵第1聯隊大尉中隊長。

1914年8月調任參謀本部戰史課參謀。次年2月，爲編纂日德戰史被派赴青島蒐集資料，此係他第一次踏入中國土地。

1917年2月被擔任北洋政府軍事顧問的青木宣純中將選爲助手，此後在北京工作兩年多。

1919年7月晉升爲步兵少佐，調至陸軍省新聞班工作。

1921年6月赴歐美考察，並於同年10月在德國與小(口克)敏四郎、東條英機等立志“改革”的青年軍官，結成“巴登巴登盟約”。

1923年3月轉任參謀本部中國課參謀，同年8月晉升爲步兵中佐。

1924年1月抵上海任日本領事館武官。次年底，被孫傳芳聘爲軍事顧問。

1926年1月其妻理枝病故，卒年35歲。

1927年3月回國。同年7月晉升爲步兵大佐，轉任步兵第6聯隊聯隊長。

1928年5月濟南事件發生，率第6聯隊前去增援，但駐紮於青島。8月，由青島調回參謀本部任戰史課長。1930年8月轉任陸軍省人事局補任課長。

1932年1月上海“一二八事變”爆發。2月，任日本“上海派遣軍”副參謀長；4月，晉升爲陸軍少將；8月，轉凋到中國東北任關東軍副參謀長。

1933年1月指揮關東軍進攻熱河等地。5月，代表日方簽訂《塘沽協定》。

1935年3月調任參謀本部第2部（情報）部長。

1936年3月晉升爲陸軍中將，並就任第2師團師團長。

1937年1月與加藤結婚。4月，率第2師團赴東北。

1937年7月蘆溝橋事變發生，中國抗日戰爭全面爆發。

1938年7月由中國東北調至華中，擔任日第11軍司令官，指揮進攻武漢等。

1940年3月回國任軍事參議官。轉年4月，晉升爲陸軍大將。

1941年7月就任日華北方面軍司令官。此後，指揮日僞軍對華北各抗日根據地進行了多次“掃蕩”作戰。

1941年12月8日日本聯合艦隊偷襲美國珍珠港，太平洋戰爭爆發。

1942年6月日軍在中途島戰役中受到重創，太平洋戰場主動權轉入盟軍之手。

1944年1月爲了加強中國大陸的日軍與南洋日軍的聯繫，日大本營制定打通平漢、粵漢和湘桂鐵路的“1號作戰”具體計劃。4月一5月，岡村指揮華北日軍發動河南作戰一佔領鄭州、洛陽。

1944年8月轉任日第6方面軍司令官，指揮日軍進攻廣西。11月，相繼佔領桂林、柳州、南寧等地。

1944年11月下旬就任日本“中國派遣軍”總司令官，指揮除東北和臺灣之外的全部侵華日軍。

1945年3月下旬至4月底命令以日第12軍爲主力，發動老河口作戰，並佔領豫西鄂北一些重要城鎮。

19454月下旬至6月上旬令第6方面軍發動芷江戰役，遭到挫敗。

1945年7月26日中、美、英三國《波茨坦公告》發表，敦促日本無條件投降。

1945年8月美國於6日在廣島投下第1顆原子彈；8日，蘇聯宣佈與日本處於戰爭狀態，9日零時起百萬蘇軍向中國東北突入；9日上午，美國向長崎投下第2顆原子彈。

10日，日本表示接受《波茨坦公告》；15日，天皇發表停戰詔書，宣佈無條件投降。

1945年9月2日盟國在停泊於東京灣的美國“密蘇里”號戰列艦上舉行投降簽字儀式。日本外相重光葵代表日本天皇和日本政府，陸軍參謀總長梅津美治郎代表大本營在投降書上簽字。

1945年9月9日中國戰區日軍投降簽字儀式在南京舉行。岡村寧次代表其“中國派遣軍”和駐臺灣、越南北部的日軍在投降書上簽字。

1945年9月12日至1948年3月底岡村先後以“中國戰區日本官兵善後總聯絡部長官”和“聯絡班長”等名義，被中國政府軟禁在南京，除協助遣返日軍、日僑外，還充當國民黨軍事當局的祕密軍事顧問。

1948年3月底被解往上海候審。1948年8月中旬被正式送進上海戰犯監獄，但不久以“保外就醫”名義被監視居住於上海黃渡路祕密住所。

1949年2月被國民黨軍事法庭審判爲“無罪釋放”，旋即返回國內。

1950年底被蔣介石聘爲臺灣“革命實踐研究院”高級教官，此後多次到臺灣講學、訪問。同年，還擔任日本右翼勢力“日本戰友會”副會長等。

1962年4月長子岡村忠正病死，時年49歲。

1963年4月應日本防衛廳戰史室要求，抱病整理個人日記和撰寫回憶錄，於1965年初完成。

1966年9月病死，卒年82歲